不可见光显微镜
这是一类利用光谱的可见光部分以外的非可见光形成像的显微镜。这类显微镜是在近二十年内发展起来的特殊用途的显微镜，它可以分为：
紫外光显微镜：这是一种使用波长在380-360纳米以下的紫外光形成物体像的显微镜。它最初被用于增大分辨力，现在主要用于对紫外光有选择吸收物质的显微光度和显微分光光度的研究。
红外光显微镜：这是一种使用波长在760-1500纳米范围内的红外光形成物体像的显微镜。它可以使用可见光观察不透明的一定的物质变得透明，例如可用于研究昆虫中渗入黑色素的甲壳质层。
X-射线显微镜：这是一种利用波长极短而具强大穿透力的X-射线来形成物体像的显微镜。它可以用来观察较厚标本中的空间结构以及矿质化或角质化的材料。
在光学显微镜中除了这些分类方法外，根据显微镜的使用范围和性能的高低还可以分为教学显微镜、研究显微镜和大型万能显微镜。大型万能显微镜可以装配各种附件而兼备多种显微镜的用途。
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